<th id='datepicker'> gerine <th class='datepicker'> olarak değiştirip.



$( function() {
$( ".datepicker" ).datepicker();
$( "#format" ).on( "change", function() {
$( ".datepicker" ).datepicker( "option", "dateFormat", $( this ).val() );
});
} );

şeklinde yapar mısınız ID üzerinden değil de Class üzerinden yapın javascriptte ben genelde bu şekilde kullanıyorum çoklu elementlerde.