Hocam olay şöyle vdsden çıkış yaptığınız zaman kullanıcıda çıkış yapıyor ve işlemi kesiyor. Ben şöyle bir çözüm bulmuştum.
Aynı vds üzerinde ikinci bir kullanıcı oluşturup ana pcden ona bağlanıyordum. Daha sonra vdsye bağlanır gibi localhost üzerinden işlem yapacağım kullanıcı açıyordum. Ve ana pcden çıkış yaptığımda işlem yapmaya devam ediyordu vds.