Temanızın functions.php dosyasına kodu ekleyerek halledebilirsiniz.

function custom_pre_get_posts_query( $q ) {
    $tax_query = (array) $q->get( 'tax_query' );
    $tax_query[] = array(
           'taxonomy' => 'product_cat',
           'field' => 'id',
           'terms' => array( '19' ),
           'operator' => 'NOT IN'
    );
    $q->set( 'tax_query', $tax_query );
}
add_action( 'woocommerce_product_query', 'custom_pre_get_posts_query' );

           'terms' => array( '19' ),

burada bulunan 19 kategorimizin ID değeridir. Gözükmemesini istediğiniz kategori ID sini yazarak gizleyebilirsiniz. Birden fazla kategori gizlemek istiyorsanız eğer;

           'terms' => array( '19' ,'16','547'),

bu şekilde değerleri girmeniz gerekli.