Merhaba,
Yapılan my cnf yapılandırmaları kaynaklı bir swap tüketimi olabilir. Swap kullanmayacak iseniz sysctl de bir sınır getirebilirsiniz. Hepsini kullanması gerekmez. Ancak gerektiğini düşünüyor iseniz swap x2 olarak tekrar oluşturmayı deneyebilirsiniz.
Ek olarak barındırdığınız script / yazılımların oluşturduğu sorgulara yönelik de optimizasyonlar yapmanız daha doğru olabilir. Sorgular için redis de kullanmanız mantıklı olabilir.
İyi çalışmalar.