Merhaba,

Anladım. Rica etsem; sitenizde bir yazıya gidip, sağ tıklayın, kaynağı görüntüleyin ve ctrl+f yaparak rel="canonical" şunu aratır mısınız? Sonrasında, orada yazan URL, sizin sitenizin/sayfanızın URL'si ile eşleşiyor mu?

Diğer aklıma gelen ise büyük çaplı URL değişiminin Google robotlarının kafasını karıştırmış olması.

URL değişmini de 301 olmadan yaptıysanız; eskilerinin komple silinip, yenilerinin eklenmesi gerekiyor. 301 yapılsaydı eğer direkt anlardı yönlendirme/değişim olduğunu. Şu an eskisi kalktı ve yenileri eklenecek sanıyor olabilir.