Sorun tarafımca çözülmüştür çözümü;
Veritabanında songuncelleme adında bir sütun oluşturduk ve cronun süresini 1 dakika yaptık.
Cron her dakika çalışsada veritabanındaki calisacakdakika = 2 olduğu için songuncellemenin üzerinden 2 dakika geçtimi şeklinde kontrol yaptık.
Ve tabii her cron çalıştığında bu songuncelleme şuanın tarihini update yapıyor.Yani cron.php çalışırken 2 dakika geçip geçmediğini kontrol ediyor.