Execute timeout verir. Php için cron dışında yapabileceğin bir yolu yok. Her türlü o dosyayı çalıştırmak gerekiyor, cron ise bunu senden bağımsız tetikler.
execution time limitsiz olursa problem olmaz sunucudan php konfigrasyonunda ayarlanabiliyor ama dediğiniz doğru standart konfigrasyonlarda bir limit mevcut o limit aşımında timeout'a düşücektir.