$new_config_content değişkenini DB'e mi kayıt edeceksiniz? bunun için bir fonksiyon oluştursanız ve sadece alan adını DB'ye kayıt etseniz? Kullanmak istediğinizde zaten DB'den veriyi çekeceksiniz, fonksiyonu çağırır kullanırsınız.

yani;

function config_content($domain){
   $new_config_content = 'log_format  ' . $domain . ' \'|$remote_addr| |$remote_user| |$time_zone| "$request"|\''
                    . '\'|$status| |$body_bytes_sent| "$http_content"|\''
                    . '"$http_user_agent" "$http_x_forwarded_for" "status";';

   return $new_config_content;
}

Böylece veri tabanında her kolonda bu kadar veriyi tutmamış olursunuz.

şöyle bir deneyin.
ama sanki eksik bir şeyler hissediliyor gibi.

$new_config_content = "log_format  {$domain} '|{$remote_addr}| |{$remote_user}| |{$time_zone}| \"{$request}\"|' '|{$status}| |{$body_bytes_sent}| \"{$http_content}\"|' '\"{$http_user_agent}\" \"{$http_x_forwarded_for}\" \"status\";";