Uygulamanız, başlangıçta kendini system tray'a atmıyorsa yada minimize etmiyorsa , bunun için yeniden kodlayıp derlemediğiniz sürece yapabileceğiniz bir şey yok.
Diğer seçenek ise, küçük bir java uygulması ile başlangıçta çalışan uygulama penceresini kontrol etmek.
Dilerseniz uygun bir ücret ile yardım edebiliriz, whatsapptan yazabilrsiniz. İyi çalışmalar