Merhabalar,

Biri NTFS disk, diğeri örneğin extX veya xfs. Disk'in formatlanma biçimide önemli. Hiç raid kullanmazsanız daha hızlı sonuç alınabilir.
Tool'da kullandığınız parametreler linux'la eş değer olmalı. Bu durum windowsda göz ardı ediliyor olabilir seçtiğiniz tool'da

Linux'da test yaparken kullandığınız dd komutunda bs=1k veya 64k parçalı parçalı dosya testinde hız düşük çıkar. Farklı verimerkezindeki sunucunun diskleri nvme veya iopsları sizinkinden misliyle yüksek olabilir. Muhtelemelen size verecekkeri windows serverda sizin windows serverdan daha yüksek sonuçlar çıkacaktır.

Ayrıca linuxda dd testini yaparken bütün(anlık atıyorum 4mb ile yazarak) dosyalarda yazma hızlı çıkar.

Linuxda aşağıdak şekilde bakabilirsiniz
dd if=/dev/zero of=/newfile0 bs=4k count=100000 oflag=direct conv=fdatasync > düşük hız verebilir
dd if=/dev/zero of=/newfile1 bs=128k count=10000 oflag=direct conv=fdatasync > düşük hız verebilir
dd if=/dev/zero of=/newfile2 bs=4M count=1000 oflag=direct conv=fdatasync > yüksek hız verebilir
dd if=/dev/zero of=/newfile3 bs=4M count=100 oflag=direct conv=fdatasync > yüksek hız verebilir

Kısaca windowsdaki tool bütün olarak büyük dosya gönderip testi yapıyor olabilir. dd komunutunzda tam tersi ufak dosya göndererek test yapıyorsunuz. Buda arada büyük farkların çıkmasına neden