Merhaba,

Olasılıklar;

1- Local LEMP bir yapıda var olmayan, sadece sunucuya kurulu bileşen ve panelin servisleri kaynaklı kısmi bir yavaşlık olabilir,
2- Sunucu ağ durumu kaynaklı bir yavaşlık olabilir,
3- Sunucu donanımı kaynaklı / size tahsis edilen ram, cpu, disk in eğer sanal vps sunucu ise size ait olmaması kaynaklı paylaştırma / resource pool sorunları
4- Bot ziyaretler, saldırı olasılığı
5- Diğer ..

İyi çalışmalar.