Yaptım hocam bir tek pull eden webhook kaldı. Ona bakıyorum teşekkür ederim.

$repository_path = '/var/xx/xxx/xx';

$git_command = '/bin/git pull';
chdir($repository_path);
exec($git_command, $output, $exit_code);

Burada ne yanlış yaptığımı bulmaya çalışıyorum