php ini üzerinde düzenleme yaptınız mı?

Yazılım kaynaklı olabilir. Yazılım tarafında işlenen istek, gereken süre içerisinde yanıt vermiyor. Muhtemelen içeride yapılmaması gereken, çok zaman alacak bir iş yapılıyor. Bu sebeple yanıt dönmeden istek timeout sebebiyle sonlanıyor ve bu uyarıyı görüyorsunuz. Belki de sunucu tarafında timeout kısa tutuluyor olabilir. Bu limit, yazılım tarafında da bulunabilir.