Hocam ben bu tırnak işaretlerinde boğuldum muhtemelen siz de öyle oldunuz ama size şöyle bi tavsiye vereyim. Kod okunabilirliği, anlaşılabilirliğini bir nebze artırmış oluruz hem.

$bilgilerimcekseneelann["player_site"]

değişkeninini if ile kontrol edip true dönüyorsa watermarkLink json key ine bu değişkenle atama yapıyorsunuz. Bunu şu şekilde yapmışsınız:

if(!$bilgilerimcekseneelann["player_site"]){}else{'watermarkLink:"'.$bilgilerimcekseneelann['player_site'].'"}

Buna gerek yok. Şöyle yapın.

Bu kısmı ilk başta kontrol ettirin. Şöyle ki:

<?php
$str = '';
if($bilgilerimcekseneelann["player_site"]) { // bilgilerimcekseneelann array indeki player_site dolu gelirse
    $str = 'watermarkLink:'.$bilgilerimcekseneelann['player_site']; // değeri direkt olması gerektiği şekilde atayın
}
?>

Olması gereken kod da şu şekilde olur.

<?php
$str = "";
if ($bilgilerimcekseneelann["player_site"]) {
    $str = "watermarkLink:" . $bilgilerimcekseneelann["player_site"];
}
$dizge =
    'window.config={
    adv:{enabled:' .
    $bilgilerimcekseneelann["player_reklamdurum"] .
    ',link:"' .
    $bilgilerimcekseneelann["player_site"] .
    '",parentId:"div#app",poster:"' .
    $bilgilerimcekseneelann["player_arkaplan"] .
    '",skipOffset:"' .
    $bilgilerimcekseneelann["player_reklamsure"] .
    '",source:"' .
    $bilgilerimcekseneelann["player_reklamvideo"] .
    '"},match:{parentId:"div#app",position:"' .
    $bilgilerimcekseneelann["player_logoyer"] .
    '",poster:"' .
    $bilgilerimcekseneelann["player_arkaplan"] .
    '",source:"' .
    $bilgilerimcek["player_m3u8"] .
    '",watermark:"' .
    (isset($bilgilerimcekseneelann["player_logo"]) &&
    $bilgilerimcekseneelann["player_logo"]
        ? $bilgilerimcekseneelann["player_logo"]
        : "") .
    '",' .
    $str .
    '"}}}';
$sifrelenecek = 'eval(atob("' . base64_encode($dizge) . '"))';
require "javapckr.php";
$js = $sifrelenecek;
$packer = new Tholu\Packer\Packer($js, "Normal", true, false, true);
$packed_js1 = $packer->pack();
$packer1 = new Tholu\Packer\Packer($packed_js1, "Normal", true, false, true);
$packed_js2 = $packer1->pack();
$packer2 = new Tholu\Packer\Packer($packed_js2, "Normal", true, false, true);
$packed_js = $packer2->pack();
echo $packed_js;
?>

Syntax error giderildi. Yine çalışmazsa ki yüksek ihtimaldir, json tırnaklarıyla alakalıdır. Bunun çözümünü de hızlıca halledersiniz. (başına sonuna tırnak filan atın)