Djangoyu laravel tarzı düşünebilirsin, flask ise http mantığında. Flaske verebileceğim örnek sanırım nodeja tarafındaki express. Botu domainde çalıştırmanın mantığı eğer panel yapacaksanız vs yapabilirsiniz. Onun dışında botu normal çalıştıracaksanız herhangi bir şekilde domaine vs ihtiyacınız bulunmuyor centosta nohup ile çalıştırın düz.