Paylaştığınız my.cnf dosyanız hep böyle miydi yoksa siz kendiniz mi ayarladınız? My.cnf için veritabanlarınız hakkında net bilgi vermeniz gerekir. Hangi motoru kullanıyor, boyutları nedir, InnoDB ve MyISAM kullanım oranı nedir bunların analiz edilmesi gerekir. Arayış devam ediyorsa özelden yazarsanız konuşalım.