.htcaccess dosyanız varmı? veya cron ayarlarınız varsa yeni subdomaine göre değiştirmeniz gerek yoksa taşımanızda bir engel olmadığını düşünüyorum siz gene de yedek alın
Script içerisinde ekstra bir ayar veya domaine özel ayarlanmış bir blok yoksa yeterli olur.
Config dosyanızı editlemeniz gerekebilir kullandığınız yazılıma yada framwork e göre $base_url="x.com" gibi bir tanımlama yapılmış olabilir genelde codeigniterde sık rastlanır
Yedekleri aldım ama sadece dosyaları taşıdım yeni ana dizine sorun yok gibi şuan .