2 ve 3 er dakikada çalışacak tek dosyada;

        $minute = date("i");
        if ($minute % 2 == 0) {
            //2 dakikada bir çalışacak job
        } else  {
           //3 dakikada bir çalışacak job
        }

Eğer ikisi ayrı dosya ise;
2 dakikada çalışcak kod;

        $minute = date("i");
        if ($minute % 2 == 0) {
            // 2 dakikada bir çalışacak job
        }

3 dakikada çalışcak kod;

        $minute = date("i");
        if ($minute % 2 == 1) {
            // 3 dakikada bir çalışacak job
        }