https://developer.wordpress.org/refe...e_part/#source

hocam get_template_part otomatik olarak .php uzantısı ekliyor (linkte 189. satır) sizin yazdığınız kodda navigation.php.php dosyasını çağırmış oluyorsunuz.
<?php get_template_part('template-parts/navigation'); ?>

şeklinde çağırmalısınız