Merhaba,
Hosting hizmet sağlayıcınızın çözümlemesi gereken bir konudur. Php değişikliği multiplephp üzerinden gerçekleştirilmelidir. Siz manuel müdehale ediyor iseniz .htaccess e bu sorunu çözmez. Bazı yazılımlar / eklentiler de Addhandler ekleyebilir, ancak son aşamada sorunu hosting aldığınız yer çözer. Wordpress in bunu yaptığını düşünüyor iseniz de bazı kurallar ile .htaccess i değiştirmesini engellemeniz mümkündür.
Ekleme: Sunucunuzda cloudlinux alt-php var ise eaphp ile alt-php karmaşası yaşıyor olabilirsiniz. Bu da bu sorunu hosting hizmet sağlayıcınızın çözmesi gerektiği anlamına gelir.
İyi çalışmalar.