Veritabanında hangi tablo yapısını kullanıyorsunuz? MyISAM? InnoDB? Ayrıca, query_cache kapatmalısınız. İnternette denk geldiğiniz veya önerilen her my.cnf ayarlarını kendi sunucunuzda olduğu gibi uygulamamalısınız. Her sunucu üzerindeki yük aynı değil yani başkasının kullandığı konfigürasyon sizin sunucunuza yetersiz veya fazla gelebilir. Bu arada dikkatli olmanızı ve mutlaka yedeklerinizi almanızı öneririm.