PHP değil, MySQL-Server optimizasyonu yapılması gerekiyor. Yakın zamanda PHP üzerinde ekleme veya değişiklik yaptınız mı? Yaptıysanız o da buna neden olabilir. Disk I/O ve RAM kullanım oranı çok kritik seviyeye gelmiş. Anlık takibi detaylı yapmak için top komutu da kullanabilirsiniz. Arayış devam ediyorsa iletişime geçebilirsiniz.