Bir çok sebebi olabilir;
1 - Biraz bekleyin, güvenlik taramasından geçiyor olabilir.
2 - Inodes Limitine ulaşmış olabilirsiniz.
3 - Dosya limitini aşmış olabilirsiniz.

FTP ile bağlanıp yüklemeniz daha sağlıklı olur.