Kendi sunucumda kullandığım her zaman çalışan kodu bırakıyorum.
Eğer domain adresin gerçekten o kullandığın sunucu üzerinde certbot ile yapıldıysa çalışacaktır.
Bunun için sunucunda letsencrypt klasörünü bulup içerisinde yenilemek istediğin domain gerçekten bulunuyor mu? Yenilemek istediğin domain yoksa zaten boşuna yapıyorsun demektir.
Veya /etc/apache/sites-available (klasör adresini eksik veya yanlış vermiş olabilirim) klasöründe ilgili sitenin dosyasını açıp letsencryp yolu bulunuyor mu?

Onlardan emin olduktan sonra aşağıda ki komutu deneyebilirsin.

sudo certbot run -n --nginx --agree-tos -d siteadresi.com,www.siteadresi.com -m eposta_adresin@hotmail.com --redirect

İlgili alanları kendine göre düzenlemen lazım.

Edit: Bu kodda büyük ihtimal çalışmayacaktır sende. Çünkü yukarıda ilk verdiğim komutu çalıştırdığında yenilenme zamanı gelmemiş domain olmasa bile kayıtlı domain adreslerini tek tek sıralaması lazımdı sizinde o site adresinizi görmeniz lazımdı. Yazmadığı için başka bir şekilde sertifika alınmış olabilir. CPanel farklı bir yol ile almış olabilir.