Yanlış bir şey yapmadıkça sorun olmaz ama klasör içine mevcut siteyi klonlamanız daha makul olur. Üstüne bir de hreflang hiyerarşisini düzgün yapar ve tarayıcılara dil seçimine göre yönlendirme ayarlarsanız hem kaliteli iş çıkarmış olursunuz hem de başarıya ulaşma şansınız yüksek olur. Klasör içine farklı bir site yaparsanız ne olur bilmiyorum ama farklı dil sunacaksanız hiyerarşinin site köküne dayalı olması daha makul olacaktır.