Merhabalar saatlerdir uğraşmamın sonucunda bir çözüm elde edebildim benim sürümüm 3.0.2.0 herhangi bir sorun yaşayan varsa izlediğim adımları uygulayabilir.

system/library/mail/smtp.php dosyasını açıyoruz

 public function send() { //kodunun hemen altına
 if ($this->from != $this->smtp_username) { $this->reply_to = $this->from; $this->reply_to_sender = $this->sender; $this->from = $this->smtp_username; } //kodunu ekliyoruz.

$header .= 'Reply-To: =?UTF-8?B?' . base64_encode($this->sender) . '?= <' . $this->from . '>' . PHP_EOL; //kodunu bulup
$header .= 'Reply-To: =?UTF-8?B?' . base64_encode($this->reply_to_sender) . '?=' . ' <' . $this->reply_to . '>' . PHP_EOL;  //bununla değiştiriyoruz.

Son olarak..

fputs($handle, 'MAIL FROM: <' . $this->from . '>XVERP' . "\r\n");  //kodunu bulup
fputs($handle, 'MAIL FROM: <' . $this->smtp_username . '>XVERP' . "\r\n"); //bununla
fputs($handle, 'MAIL FROM: <' . $this->from . '>' . "\r\n"); //kodunu bulup
fputs($handle, 'MAIL FROM: <' . $this->smtp_username . '>' . "\r\n"); //bununla değiştiriyoruz.

Yandex Connectden oluşturulan hesap şifresini kabul etmiyor, Oluşturduğunuz hesaba giriş yapıp uygulama şifreleri diyip ordan smtpyi seçip şifre oluşturun.