Manuel olarak input içeriğine müdahale ettikten sonra jQuery ile yazılan değeri silip yeni bir değer atamak için, input'a bir event listener ekleyerek bu işlemi gerçekleştirebilirsin

<input type="text" id="changeit" value="Örnek metin">
<button id="changeBtn">Değeri Değiştir</button>

$(document).ready(function() {
  // Input değeri değiştiğinde event handler oluştur
  $('#changeit').on('input', function() {
    // Değer değiştiğinde ne yapılacağı burada belirtilir
  });

  // Butona tıklanınca input değerini değiştir
  $('#changeBtn').on('click', function() {
    // Input değerini sil ve yeni değeri ata
    $('#changeit').val('');
  });
});