Terminalden takip yaptınız mı? Sorunun MySQL veya başka bir şeyle alakalı olup olmadığı oradan da anlaşılabilir ve ona göre gerekli işlemler yapılır ve sorun çözülebilir. RAM tüketimi değil de disk üzerindeki yüklenme oranı nedir en çok ona bakmak lazım. Disk I/O yüklenmesi fazlaysa, durum kritik demektir. Bunların hepsinin takibini yapabilirsiniz. MySQL optimizasyonu yaptınız mı mesela? MySQL optimizesi de çok önemlidir.