Order BY kullanarak yapabilirsiniz;
https://kodlamaklazim.com/blog/php-m...r-by-kullanimi

messages tablosundaki ID değerine göre (descending) azalana göre sıralar.

$query = $conn->query("SELECT * FROM messages ORDER BY id DESC", PDO::FETCH_ASSOC);
if ( $query->rowCount() ){
foreach( $query as $row ){
print $row['message']."<td /><tr />&nbsp;&nbsp;&nbsp;-";
 
print $row['user']."<br /><br /><br />";
 
}