Filezilla ile yüklediğiniz yol doğru mu kontrol sağladınız mı? Farklı bir klasöre yüklüyor olmayasınız?
Genelde bu tarz site üzerinden yüksek boyutlu upload işlerinde zamansal sınırlar da bulunmakta.
Aşağıdaki fonksiyonlarında kontrollerini ve arttırımını sağlarsanız belki çözüm olur.

max_execution_time = 3000
session.gc_maxlifetime = 1440