Dosya yolu yanlıştır.
İç içe ekli include olması sorun çıkartmaz, ana yada alt includelerden birinde yol yanlıştır büyük ihtimal.
header doğru eklenmiş gibi gözüküyor çünkü üstte navbar mevcut. Yani header.php de kodlanan her şey gözüküyor. Scriptler hariç, o dahil edilmiyor.