Merhabalar,
Direkt örnekle anlatayım. pc-navbar id sine sahip bir div e d-flex class ı ekleyecek lakin index.php nin içerisinde böyle bir div yok, index.php nin içerisinde include edilmiş header.php dosyasında bulunuyor pc-navbar, o yüzden script algılamıyor sanırım. Bunu çözmemiz lazım.

index.php (Tıklayın)
header-pc.php
header-mobile.php
Scriptler