Ben sitelerde genellikle şu methodu uyguluyorum ;

<div id="google_translate_element"></div>

Bu kodu dil seçme alanı nerede olacaksa (header veya footer tercih edilir genellikle) oraya yerleştiriyorum.

Sonrasında javascript kodlarımı ise footer'a yerleştiriyorum.

<script type="text/javascript">
function googleTranslateElementInit() {
  new google.translate.TranslateElement({pageLanguage: 'tr'}, 'google_translate_element');
}
</script>
<script type="text/javascript" src="//translate.google.com/translate_a/element.js?cb=googleTranslateElementInit"></script>