Veritabanından boş değerleri filtrelemek için WHERE koşulu kullanabilirsiniz. WHERE koşulu ile yalnızca NULL veya boş olan değerleri çeken bir sorgu yazabilirsiniz.
Örneğin:

$yukleyiciCek = $db->prepare("SELECT * FROM validation WHERE yukleyici IS NOT NULL AND yukleyici <> '' ORDER BY id ASC");
$yukleyiciCek->execute();

Bu sorgu yalnızca yukleyici sütununda NULL veya boş olmayan değerleri getirir. Ardından, seçenekleri oluşturmak için döngü içinde kontrol edebilirsiniz:

<select class="selectpicker col-md-12 p-l-0 p-r-0" data-style="form-control btn-secondary" name="kat_id" required >
  <option value="">Yükleyici Firmalar</option>
  <?php while ($kat = $yukleyiciCek->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)) { ?>
    <option value="<?= $kat['id'] ?>"><?= $kat['yukleyici'] ?></option>
  <?php } ?>
</select>

Bu şekilde, yalnızca NULL veya boş olmayan değerlerin seçeneklerde gösterilmesini sağlayabilirsiniz.