ssh komutunun cevabını bekletiyorsanız yapılan işleme göre yavaş çalışması normaldir. sshda bi komut verdiğinizde ekranda akan yazılar bitene kadar imleci göremediğiniz gibi phpde işlem bitip imleci görene kadar komutun çalışmasını bekleyecektir. Bunun önüne geçmek için ssh komutlarınızı arka planda çalışacak şekilde yapılandırabilirsiniz. Tam ezberimde değil ama komutun sonuna > /dev/null vb. bir ifade ekleyip arka planda çalışmasını sağlayabiliyorsunuz. Böylece uzun işlemleri php tarafı beklemeden sunucuya komutu gönderip geçecektir. böylece performansı en iyi düzeye çıkarırdığınız gibi timeout vb. durumlarda komutunuzun işlenmesi yarıda da kalma vb. durumların önüne geçersiniz. Bu yöntemin tek dezavantajı output alamazsınız boş döner.