Merhaba @agofya;

Eğer kurulumu doğru bir şekilde yapmışsanız github deponuzda bulunan kodlardaki değişiklikleri sunucu tarafındaki projeye aktarmak için

git pull origin main

gibi bir komut kullanmanız gerekir. Bu komut github üzerindeki depoda bulunan kodun son halini bulunduğunuz yere getirecektir.

Ancak uygulama güncelleme için kullanacaksanız bu yöntem pek uygun değil bence. github actions veya github packages olanaklarına bakabilirsiniz.