Tablo yapınız güzel bu senaryo şöyle olabilir;
Tags' yönetimi panel üzerinde ayrı bir sayfada işlevselliği yapılabilir. Onları listelerken sadece bir yere bağlı olup olmadıklarına göz atılır.

Fotoğrafı eklerken yapmanız gereken düzenlerken silerken veya eklerken fark etmiyor.
DELETE FROM tagged WHERE photos_id = x
Kullanmanız yeterli olacaktır. Bu tablo zaten ilişkilendirme için

Fotoğrafları etiketleme yaptığınız input bir autocomplete olabilir daha önce eklenmiş olan etiketleri seçtirmek için.

Son olarak;
tags tablosundaki tags_slag mutlaka UNIQUE benzersiz olmalıdır bu tabloda etiket kesinlikle tekrar etmemeli.

Not:
Tagged içerisindeki tagged_id'ye gerek yok, o tablodan bir veri çıkarılırken WHERE tags_id = x AND photos_id = X
Öneri;
tablo adı "tags_relation" olabilir