Her zaman düz PHP ile kodluyor olsanız dahi basit olarak Model View Controller mantığını oluşturun.
Bu yapı ile ilerlerseniz daha düzenli olur herşey.

assets/
    css/
    js/
    img/
controllers
    user.php
    category.php
views
    user/form.php
    user/welcome.php
    category/form.php
    category/welcome.php
    welcome.php
functions.php
config.php
route.php
index.php