Bahsettiğiniz şeyleri MySQL okumada zorlanmaz. Tablo yapınızı gözden geçirdiniz mi? Indeskleri doğru verdiniz mi sorguları tek tek çalıştırıp çalışma sürelerini kontrol edin, indeksleri yeniden düzenleyip tekrar kontrol edin mutlaka atladığınız bir yer vardır.