Öncelikle JSON içeriğini kararlaştıralım.
Birden fazla dosya için bir dizi olması gerekiyor?
Ve form içerisinde
<input type="number" name="icerikid[]" placeholder="İçerik Id" required>
Bunu dizi yapmayalım. [] silip aşağıdaki şekilde düzenlenmiş olsun.
<input type="number" name="icerikid" placeholder="İçerik Id" required>

PHP kodunuz şu olsun;

<?php
if ($_SERVER['REQUEST_METHOD'] == 'POST') {
    $array = array();


    foreach ($_FILES['dosya']['name'] as $index => $dosya_adi) {
        if(move_uploaded_file($_FILES['dosya']['tmp_name'][$index], '../../images/indexurunler/' . $dosya_adi)) {
            $array[] = array('ss_dosya_adi' => $dosya_adi);
        }
    }

    file_put_contents($_POST['icerikid'] . '.json', json_encode(array('dosyalar' => $array)));
}
?>

Sizin şu sorunuza gelecek olursak
Zaten sizin müsade edeceğiniz şekilde bu dosyalara erişmek mümkün olacak.
Bu icerikId neden manuel olarak oluşturuluyor?
Bu işlemleri ayrı ayrı kullanıcılar mı yapacak?