Hmm. Şunu deneyebilirsiniz.

User-agent: *
Disallow: /

User-agent: Googlebot
User-agent: Bingbot
User-agent: Yandex 
Disallow: *
Allow: /index.php

RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} Googlebot [OR]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} Bingbot  [OR]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} Yandex  
RewriteCond %{QUERY_STRING} !^$
RewriteRule ^index\.php$ /index.php? [R=301,L]

bu şekilde botlardan gelen isteklerdeki parametreleri otomatik olarak index.php'ye yönlendiriyoruz.
bu kodu ekledikten sonra google search console'dan o indekslerin kaldırılmasını isteyin.