Şifreyi direk olduğu gibi veritabanından sorguluyor olabilir misiniz? Şifreyi md5 veya diğer şifreleme fonksiyonları ile şifreleyip veritabanına ekliyorsanız aynı şekilde giriş yaparken de şifreyi hashleyip o şekilde sorgu yapmanız gerekiyor.
E-posta normal, şifre ise bir çeşit şifreleme ile veritabanına kayıtlı, yukarıdaki php kodunda yazıyor olmalı, giriş ekranında da şifreyi hash ile verify edip çözerek girmiyor mu zaten?