Merhaba, günaydın.
str_replace fonksiyonunda search parametresi olarak(ilk param.) "<hX>" değerini aratıyorsunuz ve bunu başlığın tamamıyla değiştiriyorsunuz. Yani aslında;
Bu şekilde olan HTML çıktısı

<h1>Selam!</h1>

Muhtemelen bu şekilde dönüyor:

<h1 id="' . seo($title) . '">' . $title . '</h1>Selam!</h1>

str_replace fonksiyonunda tüm elementi değiştirmek istiyorsanız search param. olarak tüm elementin içeriğini girmeniz gerekecek. Sadece <h1> olarak arattığınızda 2. parametre (replace) olarak gönderdiğiniz değer sadece <h1> yerine basılır.
Keyifli çalışmalar.