Attığınız kodların dışına çıkmadan düzenlemeye çalıştım. Aşağıdaki kodların çalışır olması gerekiyor.
<?php

    include ('config.php');

    if(isset($_POST['submit'])){

        $email = $_POST['email'];
        $pword = md5($_POST['password']);
        $desig = $_POST['designation'];

        $query = $dbh->prepare('INSERT INTO users (`email`, `password`, `designation`) VALUES (?, ?, ?)');
        $param = array(
            $email,
            $pword,
            $desig
        );
        $query->execute($param);
        $lastInsertId = $dbh->lastInsertId();

        if ($lastInsertId){
            echo '<script type="text/javascript">alert("Kayıt Başarılı!");</script>';
            echo '<script type="text/javascript">document.location = "index.php";</script>';
        }else{
            $error = "Bir şeyler ters gitti, lütfen tekrar deneyin.";
        }

    }