Aşağıdaki şekilde dizine yüklemeyi yapabilirsin;

$filename   = uniqid() . "-" . time(); // 5dab1961e93a7-1571494241
$extension  = pathinfo( $_FILES["Resim"]["name"], PATHINFO_EXTENSION );
$basename   = $filename . "." . $extension; // 5dab1961e93a7_1571494241.jpg
$valid_ext = array('png','jpeg','jpg');

$source       = $_FILES["Resim"]["tmp_name"];
$destination  = "../../upload/{$basename}";
$file_extension = pathinfo($destination, PATHINFO_EXTENSION);
$file_extension = strtolower($file_extension);

  if(in_array($file_extension,$valid_ext)){
    compressImage($source,$destination,60);
  }else{
    $jsonResult->response = "warning";
    $jsonResult->message = "Sadece PNG, JPG, JPEG uzantılı dosya yükleyebilirsiniz.";
    echo json_encode($jsonResult);
    die;
  }

Ayrıca bu kodda kullandığım compressImage fonksiyonu fotoğrafın boyutunu sıkıştırmaya yarıyor. Onu da kullanmak istersen fonksiyonu da ekliyorum. İstemezsen de o alanı düzenleyebilirsin.

function compressImage($source, $destination, $quality) {
  $info = getimagesize($source);
 
  if ($info['mime'] == 'image/jpeg') 
    $image = imagecreatefromjpeg($source);
 
  elseif ($info['mime'] == 'image/gif') 
    $image = imagecreatefromgif($source);
 
  elseif ($info['mime'] == 'image/png') 
    $image = imagecreatefrompng($source);
 
  imagejpeg($image, $destination, $quality);
}