Eski linklerden yeni linklere 301 verdiniz mi? Verirseniz o problem kalkacaktır diye düşünüyorum.
Eski linklere girilmeye çalışınca php nin yönlendirmiş olduğu 404 sayfasını açıyor site sanırım .htaccess yönlendirmediği için google 404 olarak algılamıyor sayfa açılıyor çünkü ama bütün eski linklerde aynı içeriği okuduğu için kopya olarak algılıyor