Teşekkürler hocam. Sitenin kod yapısı bir hayli eski. Yani mysql komutlarının büyük bölümü eski komutlar. PDO nadiren güncel yerlerde kullanmış. Tema güncel ama ilk sürüm sayfalarındaki temelden kalma bir çok eski yapı mevcut. Bir de seo url yapısı sağlam değil.
RewriteRule ^(.*)$ index.php?do=404 [L,R=404]
bu tüm hatalı urller için 404 e atması gerekiyor açıkcası buda düzeltmezse baska sorunlar olabilir.