<hreflang> etiketlerini ve <canonical> etiketlerini düzgün ayarlarsanız, bence de hiç bir sorun olmaz.

Ancak, konu bağlamına bağlı kalmalısınız. Ana sitede Türkçe kimyevi maddeler konusunu işlerken, subdomain'de İngilizce arıcılık ürünlerini işlemek SEO bağlamında birbirine hiçbir bir fayda sağlamaz.