Merhaba zararı olmaz. HTML, CSS dosyaları silinir. Tekrar cache oluşturursanız mantık olarak yenisi yerine gelecektir. Ama bu işlemi yapınca mevcut cache silinecek yani site daha geç açılacaktır.
Tekrar cache oluşturulması gerek. İşlemleri yapmadan önce o klasörünün ve veri tabanın yedeğini alıp yapın.