$tables = $db->query('SHOW TABLES')->fetchAll(PDO::FETCH_COLUMN);
foreach($tables as $table){
    $db->query(' DROP TABLE '.$table.'');
}
$db->exec(file_get_contents("./database.sql"));

Bu örneği php pdo ile kullandığım bir site için yapmıştım. Önce bulunan tüm tabloları silip daha sonra yeni veri tabanını içe aktarıyorum.